Fra Vernero vai relatar a conversión de Zacarías Werner en Fra Wernero, é dicir, a través desta novela observamos a vida do filósofo Zacarías Werner (1768-1823) e a súa transformación, para pasar de ser un bebedor e esmorgante a un relixioso cunha vida case monacal. Esta mudanza observarase claramente nos espazos en que comeza e remata a historia: o cabaré La Ressoursce e o mosteiro de Mariazell respectivamente.

Con todo, a través de Fra Vernero tamén acudimos a un retrato pormenorizado da Europa romántica, ao facer referencia a un amplo abano de pensadores, artistas e acontecementos históricos dos que é testemuña o protagonista.

A novela comeza en Warzawa (Varsovia), en que Zacarías Werner vive entre o seu traballo como funcionario no tribunal e as súas noites de festa nos cabarés e nos bares da cidade. Con frecuencia, cando chega á súa casa sente vergoña do seu propio comportamento e traballa nas súas obras literarias.

Está casado en terceiras nupcias cunha esposa coa que non se entende, polo que decide poñer fin ao seu matrimonio e emprender unha das súas viaxes. Regresa a Koënigsberg, o lugar en que naceu, para visitar a súa nai. O 24 de febreiro, unha data moi significativa para Werner, súa nai morre e déixalle como herdo a Biblia familiar do século XVI.

Werner traballa no seu Lutero e vaise para Berlín con Hoffmann. Procuran traballo, mais o novo estado alemán é aforrador e non precisa funcionarios. Finalmente, estrea o Lutero, que resulta un auténtico éxito para o autor.

Logo de conversar con Goethe sobre o segundo Fausto, Werner decide viaxar a Suíza, onde coincide con Madame de Staël. Recibe unha chamada de Berlín en que lle ofrecen un posto de funcionario, mais el decide ir a Italia (tentado pola señora Staël).

En Roma reflexiona sobre a súa vida e sobre a morte, o que o leva a converterse e a bautizarse o 10 de abril de 1810. Visita o seu protector, o príncipe Dalberg, e ambos os dous conversan sobre a súa conversión ao catolicismo. Finalmente, o príncipe dá a Werner as Ordes e este convértese en Fra Wernero. Vai vivir ao mosteiro de Mariazell, en que reflexiona sobre a filosofía e sobre a redención.

Os medios luteranos condénano, mais en Viena é ben recibido. Na cidade austríaca afástase da sociedade e dos bailes. Está enfermo, ten saudade da patria e remata por morrer agarrado a unha cruz.